Với khoảng 150.000 tỷ đồng/năm, ngành thuế đã và đang triển khai hoàn thuế giá trị gia tăng theo đúng quy định của pháp luật, tuy nhiên nhiều doanh nghiệp còn có tình trạng vi phạm sử dụng hóa đơn đầu vào bất hợp pháp, dẫn đến khó khăn trong công tác hoàn thuế xuất nhập khẩu.